Les Chapitres sont des ensembles d'étages qui contiennent des ennemies, thèmes, boss et difficultés similaires. Les premiers chapitres sont divisés en deux étages, alors que les derniers chapitres contiennent qu'un seul étage. Chaque étage dans un chapitre peut apparaître sous différent environnement. Les environnements dans un chapitre contiennent des thèmes et mécaniques similaires, mais il peut y avoir une légère différence et difficulté.
Chapitre 1
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| Basement | Cellar |
Chapitre 2
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| The Caves | The Catacombs |
Chapitre 3
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| The Depths | Necropolis |
Chapitre 4
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Fichier:Utero.png | |
| The Womb | Utero |
Chapitre 5
| Fichier:Sheol.png | Fichier:Cathedral.png | |
| Sheol | Cathedral |
Chapitre 6
| Fichier:Dark Room.png | Fichier:The Chest.png | |
| Dark Room | Chest |
Modèle:MasterNav